Климата на општина Пехчево е континентална со умерено топли лета и студени зими. Преку лето климата е доста пријатна, често и свежа особено во шумските планински подрачја. Како резултат на присојните (јужни) експозиции, осончувањето е подолго од онаа во Берово и изнесува околу 2450 часа годишно. Температурите се движат од -25°С во зимскиот период до преку 30°С во месеците јули и август, меѓутоа многу ретко надминуваат 35°С.
Пехчево попознато е како зимски туристички центар, но несекојдневната убавина на пехчевскиот предел е привлечна во кој било период во годината. Зимите се студени со обилни снежни врнежи, лета свежи со многу сончеви денови. Тука можете да најдете уточиште, да се освежите и вистински да се одморите токму во жешките лета.
Врнежите изнесуваат околу 600-700 мм годишно и главно паѓаат во месеците мај и ноември. Во зимскиот дел од годината тие се во вид на снег, особено во повисоките планински подрачја. Просечната годишна сума на врнежи изнесува 672,2мм, од кои 60% паѓаат во вегетацискиот период. Најмногу врнежи паѓаат во пролет и тоа во мај со 76,8мм. Во просечната сума на врнежи снегот учествува со 15% и тој се јавува од октомври до мај. Просечно годишно има 42,2 дена со снежен покривач. Релативната влажност е со годишна вредност од 76% и се намалува од јануари до август, а потоа се зголемува до декември. Појавата на магла во Малешевската Котлина е многу ретка. Просечно годишно се појавува 8,4 дена, а максимумот го достигнува во декември со просек од 2,5 дена.
Во Пехчево и пехчевско уште првите моменти од пристигнувањето градите почнуваат да ви се полнат со кислород, воздухот е доста чист, свеж, а во шумските делови има голема концентрација на кислород, поради што делува терапевтски како „воздушна бања“.
